通过整形修剪可以培养出理想的主干，丰满的侧枝，圆满、匀称、紧凑、牢固、优美的树形，整形修剪可以改善红豆杉盆景的通风透光条件，减少病虫害，整形修剪可使植株矮化。

按红豆杉盆景的生长与休眠时期分为生长期修剪和休眠期修剪，也有叫夏季修剪和冬季修剪的。夏剪是4月至10月，冬剪10月至4月。在南方四级不明显的都叫夏剪。不同的树，种具有不同的生物学特性，特别是物候不同，因此某一树种具体的修剪时间还要根据它的物候、伤流、风寒、冻害等具体分析确定。一般落叶树种适宜冬剪，伤流严重的应早剪或伤流过后再剪，常绿树种既适宜冬剪也适宜夏剪。

在盆景育苗中，红豆杉盆景的修剪主要有：抹芽、摘心、短截、疏在园林苗圃育苗中，红豆杉盆景的修剪主要有枝、拉枝、刻伤。

抹芽：许多红豆杉移植定干后，嫁接苗干上萌发很多萌芽。

摘心：红豆杉盆景枝条生长不平衡，有强有弱。针叶树种由于某种原因造成的双头、多头等，都可采用摘去枝条生长点的办法来抑制它的生长，达到平衡枝势的目的。

短截：将一年生枝条剪去一部分叫短截。短截有轻短截、中短截、重短截、极重短截4种。

在一种植物上可能所有的短截方法都能用上，如核果类和仁果类花灌木，碧桃、榆叶梅、紫叶李、紫叶桃、樱桃、苹果和梨等。主枝的枝头用中短截，侧枝用轻短截，开心形内膛用重短截或极重短截。象垂枝类苗木，如龙爪槐、垂枝碧桃、垂枝榆、垂枝杏等枝条下垂，一般只用一种方法较多，就是重短截，剪掉枝条的百分之九十。促发向上向前生长的枝条萌发和生长，形成圆头形树冠。如用轻短截，枝条会越来越弱，树冠无法形成。

疏枝：从枝条或枝组的基部将其全部剪去称为疏枝或疏剪。疏去的可能是一年生枝，也可能是多年生枝组。疏枝的作用是使留下来的枝生长势增强，因其营养面积相对扩大，有利于其生长发育。但使整个树体生长势减弱，生长量减小。疏枝后枝条少了，改善了树冠通风、透光条件，枝条之间分布均匀、摆布合理，对于花、果类树种，有利于形成花芽，开花结果。

拉枝：拉枝就是采用拉引的办法，使枝条或大枝组改变原来的方向和位置，并继续生长，如针叶树种云杉、油松等。由于某种原因某一方向上的枝条被损坏或缺少，为了弥补缺枝可采用将两侧枝拉向缺枝部位的方法，弥补原来树冠缺陷。否则将成为一株废苗。拉枝用的最多的还是花、果木类大苗培育。

由于红豆杉盆景主枝角度过小，用修剪的方法往往达不到开角的目的，只能用强制办左右为宜。拉枝开角往法将枝条向四外拉开，一般主枝角度以70度左右为宜。拉枝开角往比其它修剪的方法效果好。拉枝改变了树冠所占空间，有的甚至可增加50%的空间量。营养面积扩大，通风透光条件更好。拉枝还可使壮强树变成中庸树，使树势很快缓和下来，有利于开花结果。

刻伤：在枝条或枝干的某处用刀或剪子去掉部分树皮或木质部，从而影响枝条或枝干生长的方法叫刻伤。刻伤切断了韧皮部或木质部的一部分输导组织，阻碍养分向下运输，也阻碍了树液向上流动。植物枝条或枝干受到刻伤后，为了愈合，同时也由于伤口的阻碍，在刻伤处养分得到了积累，而养分主要是由根部向上运输，根部吸收水分、矿物质养分和少量有机质，能贮藏营养合成有机质，特别是能合成细胞分裂素、赤霉素、生长素等。